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Né à Kamouraska en 1809, Chiniquy devient prêtre catholique. Il mènera au cours des années 1840, une campagne contre l’abus d’alcool, ce qui lui permettra d’acquérir une grande renommée. Malgré sa popularité, Chiniquy est trop turbulent, et son insoumission ainsi que certaines rumeurs d’inconduite sexuelle lui valent une suspension en septembre 1851. On l’envoie alors en Illinois comme prêtre colonisateur. En tant que curé de la paroisse de Sainte-Anne, au sud de Chicago, il s’oppose très vite à des évêques irlandais intransigeants, notamment sur la propriété des biens immobiliers de l’Église, et il est de nouveau suspendu en août 1856, puis excommunié le 3 septembre par l’évêque Anthony O’Regan. Quand l’excommunication devient définitive, en 1858, Chiniquy quitte alors l’Église catholique, entraînant avec lui pratiquement toute sa paroisse de Sainte-Anne, pour fonder l’Église catholique chrétienne qui se joint, en 1860, à l’Église presbytérienne de Chicago. Des conflits avec les pasteurs locaux entraînent sa suspension en juin 1862 par le presbytère de Chicago et Chiniquy adhère alors à l’Église presbytérienne du Canada tout en demeurant pasteur de Sainte-Anne. Il devient un critique virulent de l’Église catholique romaine et de sa théologie, affirmant que cette Église est païenne. Il soutient aussi que l’afflux aux États-Unis d’immigrants catholiques en provenance d’Irlande, d’Allemagne et de France est le résultat d’un complot du Vatican. Plus tard, il dénoncera deux autres « complots » du Saint-Siège : la guerre de Sécession et l’assassinat du président Abraham Lincoln (avant de devenir président, Lincoln l’avait défendu en tant qu’avocat et était devenu son ami). Son zèle de nouveau converti et la virulence de ses propos et des dénonciations de son ancienne Église déclenchent immanquablement des violences partout où il passe. En 1859, il est victime d’une tentative d’assassinat à Saint-Hilaire. En 1864 il épouse Euphémie Allard de sa paroisse de Sainte-Anne. Ils eurent deux filles et en adoptèrent une troisième. Durant le reste de sa carrière, il sera un prédicateur « anticatholique » acharné, gagnant sa vie grâce à des ouvrages « anticatholiques » et des discours contre l’Église catholique romaine. Ses deux livres principaux sont Cinquante ans dans l’Église de Rome et Le Prêtre, la femme et le confessionnal. Surnommé le Luther du Canada, il est appelé par les protestants évangéliques à participer à des tournées de conférences partout au Québec et en Amérique du Nord, ainsi qu’en Europe, en Australie et en Nouvelle-Zélande. Même s’il continue ses tournées de conférences jusqu’à la fin de sa vie, Chiniquy prend sa retraite comme pasteur de Sainte-Anne en 1888. Il quittera définitivement sa paroisse en 1892 et mourra le 16 janvier 1899 à Montréal.